In een stofzuiger zitten meestal twee filters:
1. Motorfilter
Andere benamingen zijn: pre-filter, voorfilter, invoerfilter, patroonfilter, ketelfilter, enz.
Het motorfilter is primair bedoeld om de motor van je stofzuiger te beschermen tegen wat grover stof/vuil. Het betreft veelal een schuim-achtig filter en is meestal op maat te knippen. Het wordt geplaatst ná de stofzuigerzak/opvangbak doch altijd vóór de motor.
Bij ketelstofzuigers betreft het motorfilter vaak een relatief groot en machine specifiek patroonfilter en filtert vele malen beter dan een standaard huishoudelijk motorfilter. Dat is nodig omdat de stofzuiger veel meer belast wordt door intensieve/professionele toepassingen, zoals het opzuigen van fijnstof.
2. Uitblaasfilter
Het uitblaasfilter zorgt ervoor dat de door de stofzuiger uitgeblazen lucht nog eens wordt gezuiverd en zit altijd ná de motor. Er zijn over het algemeen twee soorten uitblaasfilters:
1. Microfilter: Een veelal op maat te knippen filter (mits het niet in een plastic frame zit) dat met name vroeger standaard veel in stofzuigers was te vinden, en nu nog in de wat goedkopere modellen. Het microfilter bestaat uit een stof-achtig doekje en stelt feitelijk gezien niet veel voor; het houdt niet veel kleine stofdeeltjes tegen.
2. HEPA-filter: Tegenwoordig worden steeds meer stofzuigers standaard uitgerust met een geavanceerd HEPA-filter die door de fijne structuur en materiaaleigenschappen véél meer stofdeeltjes tegenhoudt dan een standaard microfilter. HEPA is een afkorting voor High Efficiency Particulate Air en bevat vaak nog een specificatie-aanduiding. Hieraan kun je afleiden hoe goed het precies filtert. Soms is een HEPA-filter wasbaar, maar dat wil bijna nooit zeggen dat het langer meegaat dan een niet wasbaar filter. Na een eerste keer wassen beginnen de poriën van het filter steeds sneller verstopt te raken en het moet eveneens meestal 1x per één of twee jaar vervangen worden.
Hieronder kun je zien hoeveel deeltjes van 0,3 micrometer (µm) worden tegengehouden bij elke HEPA-klasse:
| HEPA-klasse | Filtergraad |
| E10/H10 | > 85% |
| E11/H11 | > 95% |
| H12 | > 99,5% |
| H13 | > 99,95% |
| H14 | > 99,995% |
| H15/U15 | > 99,9995% |
| H16/U16 | > 99,99995% |
| H17/U17 | > 99,999995% |